Tujuan Fakultas Ilmu Komputer sesuai dengan visi dan misi adalah sebagai berikut :

• Menghasilkan karya ilmiah yang memberikan kontribusi pada perkembangan ilmu pengetahuan teknologi khususnya pada bidang ilmu komputer.
• Menghasilkan lulusan yang mampu menyelesaikan permasalahan-permasalahan masyarakat sesuai dengan bidang ilmu komputer.
• Mencetak lulusan yang memiliki kompetensi tinggi di bidang Teknologi Informasi dan Ilmu Komputer, serta siap berkontribusi secara efektif di dunia kerja dan industri.
• Mendorong dan meningkatkan jumlah penelitian terapan yang relevan dengan kebutuhan masyarakat Papua, serta mempublikasikan hasil penelitian di jurnal nasional dan internasional.
• Menciptakan dan memperkuat kemitraan dengan berbagai industri dan lembaga penelitian untuk memastikan kurikulum tetap relevan dan mahasiswa mendapatkan pengalaman praktis yang dibutuhkan.
• Mengimplementasikan program pengabdian masyarakat yang efektif untuk meningkatkan literasi digital dan mendukung inisiatif lokal, sehingga teknologi informasi dapat memberikan dampak positif bagi masyarakat.
• Meningkatkan keterampilan dan pengetahuan dosen melalui pelatihan dan kegiatan penelitian, sehingga mereka dapat memberikan pengajaran yang lebih baik dan sesuai dengan perkembangan teknologi.
• Membangun dan memelihara fasilitas dan infrastruktur yang memadai untuk mendukung proses pembelajaran, penelitian, dan pengembangan inovasi di bidang Teknologi Informasi.
• Menerapkan sistem evaluasi yang efektif untuk mendapatkan umpan balik dari mahasiswa dan stakeholder, guna terus meningkatkan kualitas layanan akademik dan pengalaman belajar.
• Menciptakan lingkungan yang mendorong kreativitas, kolaborasi, dan inovasi di kalangan mahasiswa dan dosen, sehingga Fakultas dapat menjadi pusat unggulan di bidang Teknologi Informasi dan Ilmu Komputer.